​​Сотрудничество НИУ "МЭИ" с университетами и организациями Литвы началось в 2005 году, когда были приняты на обучение первые студенты. НИУ "МЭИ" подготовил большое количество высококвалифицированных кадров для ряда стран мира, в том числе из Литвы.

МЭИ сотрудничает с Вильнюсским техническим университетом им. Гедиминаса. Литовский университет наравне с НИУ “МЭИ” является участником АМО  (Ассоциации международных отделов высших учебных заведений), целью которой является объединение усилий и творческого потенциала работников международных отделов высших учебных заведений.