Сотрудничество МЭИ с СФРЮ началось в 1966 году, когда были приняты на обучение первые студенты. С тех пор было подготовлено 75 студентов. На современном этапе МЭИ продолжает сотрудничество с Македонией. В настоящий момент в НИУ «МЭИ» обучается 1 студент из Македонии.

В 2017 году был подписан договор о сотрудничестве между НИУ "МЭИ" и Университетом Святых Кирилла и Мефодия в Скопье. Основной акцент в развитии сотрудничества сделан на двух направлениях: Мобильность обучающихся и сотрудников в рамках программы Erasmus+.