Научное сотрудничество со Словацкой Республикой развивается по линии Национальной стипендиальной программы Словацкой Республики (сотрудники, аспиранты и студенты НИУ «МЭИ» принимались в Словакии в рамках данной программы в 2011, 2013, 2015, 2016 гг.), программы стажировок в рамках взаимодействия Министерств образования и науки Российской Федерации и Словацкой Республики (поддержаны 2 научные и 1 учебная стажировки в Словакии в 2015 г.), поддержки российско-словацкого научного взаимодействия со стороны российских научных фондов (в частности, Российского научного фонда и РФФИ), непосредственных научных контактов с университетами Словацкой Республики (Университетом Жилины и др.). Студенты и аспиранты НИУ «МЭИ» регулярно принимают участие в научно-технических конференциях и семинарах, проводимых на базе Университета Жилины (ELEKTRO и др.). 

Активное сотрудничество ведется также по линии АМО (Ассоциации международных отделов высших учебных заведений стран Центральной и Восточной Европы). 

Почетными докторами НИУ «МЭИ» являются несколько заслуженных ученых Чехословакии.